根據分離原理不同，電泳可分為區帶電泳、移界電泳、等速電泳和聚焦電泳。根據電泳是在溶液中還是在固體支持物上進行，分為自由電泳和支持物電泳。
　　移動界面電泳
　　是將被分離的離子（如陰離子）
　　混合物置于電泳槽的一端（如負極），在電泳開始前，樣品與載體電解質有清晰的界面。電泳開始后，帶電粒子向另一極（正極）移動，泳動速度最快的離子走在最前面，其他離子依電極速度快慢順序排列，形成不同的區帶。只有第一個區帶的界面是清晰的，達到完全分離，其中含有電泳速度最快的離子，其他大部分區帶重疊。
　　區帶電泳
　　是在一定的支持物上，于均一的載體電解質中，將樣品加在中部位置，在電場作用下，樣品中帶正或負電荷的離子分別向負或正極以不同速度移動，分離成一個個彼此隔開的區帶。區帶電泳按支持物的物理性狀不同，又可分為紙和其他纖維膜電泳、粉末電泳、凝膠電泳與絲線電泳。
　　等電聚焦電泳
　　是將兩性電解質加入盛有pH梯度緩沖液的電泳槽中，當其處在低于其本身等電點的環境中則帶正電荷，向負極移動；若其處在高于其本身等電點的環境中，則帶負電向正極移動。當泳動到其自身特有的等電點時，其凈電荷為零，泳動速度下降到零，具有不同等電點的物質最后聚焦在各自等電點位置，形成一個個清晰的區帶，分辨率極高。
　　等速電泳
　　是在樣品中加有領先離子（其遷移率比所有被分離離子的大）和終末離子（其遷移率比所有被分離離子的小），樣品加在領先離子和終末離子之間，在外電場作用下，各離子進行移動，經過一段時間電泳后，達到完全分離。被分離的各離子的區帶按遷移率大小依序排列在領先離子與終末離子的區帶之間。由于沒有加入適當的支持電解質來載帶電流，所得到的區帶是相互連接的，且因“自身校正”效應，界面是清晰的，這是與區帶電泳不同之處。